Từ năm 1996 đến năm 2003, Moratinos là Đại diện đặc biệt của Liên minh châu Âu tại Trung Đông, có trụ sở tại Síp và Brussels. Với tư cách này, ông đã tham dự hầu hết các cuộc họp của Ngoại trưởng EU. Trong thời gian cầm quyền, Liên minh châu Âu - vốn đã đóng góp tài chính lớn nhất cho khu vực - cũng ngày càng trở nên nổi tiếng về quan hệ giữa Israel và Palestine.